檢查前配合事項

1.若有便秘情形，則建議檢查前2至3天就開始低渣飲食。
2.檢查前一天全天清流質飲食，並依照指示服用瀉劑併大量喝水和飲料以排空糞便，若排解出透明淡色無殘渣之糞水代表清腸完成。
3.大部份的藥物於檢查前不需要停止，少數可能會影響凝血功能或血小板功能的藥物，檢查前需與原先開藥醫師或大腸直腸外科醫師討論是否應該停藥。
4.檢查當天降血糖藥暫停，降高血壓藥仍需配少量開水服用。
5.主動告知醫護人員關於藥物過敏史及過去的疾病史。

檢查當日配合事項

1.建議病人不宜自己開（騎）車，最好有親友陪同檢查與返家。 
2.整個檢查治療時間依病情需要、大腸準備是否乾淨、及受檢者是否合作而定。

檢查結束復原期，可能出現的問題如下

1.檢查後會感覺腹脹，因檢查需打空氣至大腸，多走路能加速排氣，排氣後即可改善。大腸鏡檢查後約半個小時，若無腹部不適，即可開始進食。
2.若有進行瘜肉切除之病人，回家後需注意大便情形，一星期內避免吃刺激性食物和避免劇烈運動以及避免出遠門如搭飛機出國等。少數人會因傷口癒合不良，發生嚴重傷口發炎合併出血或穿孔情形。大便少量出血是正常現象，但如遇到大量血便或腹痛不止、發燒寒顫，應馬上至醫院急診就醫。